Một trong những mối quan tâm của chế độ ăn chay là làm thế nào để đạt được lượng protein đủ cho cơ thể. Trong số các loại protein thực vật có sẵn, đậu nành là loại duy nhất đã được chứng minh là có protein chất lượng cao, dựa trên các nghiên cứu về cân bằng nitơ ở người. Hàm lượng protein trong hạt đậu nành thay đổi từ 36% đến 46%, tùy thuộc vào giống cây trồng. Chất lượng protein là ước tính của một loại thực phẩm, thường thông qua quá trình chiết xuất protein, để thu được thông tin về hiệu quả tổng hợp protein nội sinh sau khi uống. Một phân tích tổng hợp về các nghiên cứu cân bằng nitơ của Istfan và các cộng sự (1983), bao gồm các nghiên cứu về nguồn protein đậu nành, chứng tỏ rằng không có sự khác biệt đáng kể giữa việc ăn các nguồn protein thực vật hoặc động vật để đáp ứng cân bằng nitơ, chứng minh rằng protein đậu nành đã qua chế biến tương đương với protein động vật. Và theo nghiên cứu của Amigo-Benavent (2008), đậu nành đã được phân tích về chất lượng protein và được phát hiện là rất giống với sữa bò và protein trứng. Do đó, các loại thực phẩm được làm từ đậu nành có thể giúp đáp ứng các yêu cầu về protein.
Isoflavone thuộc nhóm chức năng của chất phytochemical không steroid được gọi là phytoestrogen (cũng bao gồm lignans và coumestan) có cấu trúc hóa học và chức năng tương tự như oestrogen nội sinh động vật. Isoflavone chính chứa trong hạt đậu nành là genistein,daidzein và glyxin. Trong quá trình tiêu hóa đậu nành trong ruột, việc giải phóng peptide đậu nành – chất hoạt động sinh học, chẳng hạn như conglycinin. Các hợp chất này có thể có vai trò phòng ngừa ung thư, tăng huyết áp, tăng cholesterol máu, béo phì.
Đậu nành được cho là làm giảm bớt các biến chứng của bệnh béo phì bằng cách giảm hoạt động của lipoprotein lipase và cải thiện kháng insulin trong nghiên cứu của Paul và các cộng sự (2016). Với hàm lượng carbohydrate thấp và hàm lượng protein cao làm cho đậu nành trở thành một ứng cử viên tốt để kiểm soát phản ứng đường huyết trong bệnh tiểu đường và kháng insulin. Chế độ ăn kiêng giảm cân với thực phẩm protein được làm từ đậu nành cho thấy khả năng kiểm soát sự thèm ăn và giảm cân ở những người đàn ông béo phì trong một thử nghiệm chéo ngẫu nhiên của Neacsu (2014). Cũng có một số cuộc nghiên cứu cho thấy đậu nành có thể có lợi cho sức khỏe thận, chức năng nhận thức, khả năng miễn nhiễm và chức năng sinh sản. Sự kích hoạt ruột của các chất phytochemical trong đậu nành bằng hệ vi sinh vật có thể rất quan trọng để hấp thụ và hiệu quả của các hợp chất hoạt tính sinh học đậu nành. Hơn nữa, bản thân đậu nành có thể định hình đường ruột hệ vi sinh vật. Đậu nành và thực phẩm từ đậu nành có thể cung cấp chất nền hữu ích trong việc điều chỉnh sự phát triển của các chủng vi khuẩn. Thức uống làm từ đậu nành, được sử dụng rộng rãi ở các nước phương Tây và châu Á, có thể cung cấp các hợp chất polysaccharide và protein, dễ dàng lên men bởi vi sinh vật đường ruột. Ảnh hưởng đến hệ vi sinh vật đường ruột có thể liên quan một phần đến các tác dụng có lợi của đậu nành về hội chứng chuyển hóa.
Không giống như protein động vật, protein đậu nành dường như không làm tăng GFR sau ăn hoặc máu thận chảy. Ngoài ra, một số nghiên cứu chỉ ra rằng protein đậu nành, khi được thay thế cho protein động vật, thì có tác dụng làm giảm mức protein trong nước tiểu ở những người bị bệnh thận mãn tính và ở những bệnh nhân bị bệnh tiểu đường. Ngoài ra, dữ liệu gần đây cho thấy thực phẩm từ đậu nành cũng có thể hữu ích cho quá trình lọc máu ở bệnh nhân và có thể có lợi thế cho những bệnh nhân ghép thận.